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Otro compuesto útil es la clorhexidina, a altas dosis se comporta como bactericida, alterando la permeabilidad de la membrana citoplasmática bacteriana. A bajas concentraciones es bacteriostática, interfiriendo el mecanismo de transporte fosfoenolpiruvato fosfotransferasa. Su actividad antimicrobiana es rápida y duradera disminuye la presencia de materia orgánica.